A diferença é só na absorção. O leite contém outras proteínas, carboidratos, lactose, cálcio e se não for desnatado vai ter gordura também. O corpo precisa processar tudo isso aí, por isso com água a absorção é mais rápida. Agora, não sei te dizer "quanto mais" vai demorar, assim como não sei dizer se o corpo absorve menos em função das outras substâncias presentes no leite. Eu só tomo whey com leite se eu tiver que fazer uma refeição rápida que não seja pós-treino, geralmente por não ter muito tempo (em função de algum compromisso).