Também tive lesão no ombro (bursite) e fiquei afastado da academia por 4 meses (só fazendo fisioterapia). Quando voltei, comecei do zero, com cargas baixas e fui, aos poucos, recuperando minha adaptação anatômica. Senti algumas dores no começo. Daí vem aquele medo de lesionar novamente e qualquer coisa é motivo de preocupação. Mas era simplesmente dor muscular tardia (normal) e logo despreocupei.
Seu caso parece ter sido um pouco mais grave. Pelo que entendi, vc ficou 9 meses sem fazer musculação, só fisioterapia. É um período longo demais. Não sei como foi o seu retorno à academia, mas é bom lembrar que os exercícios não podem ter a mesma intensidade de antes, principalmente para os ombros.
No desequilíbrio muscular há diferença de força e flexibilidade entre grupos musculares de uma mesma articulação (agonistas e antagonistas), muitas vezes por um problema de postura. Seu novo treinamento deve objetivar a correção desse problema (Pilates e RPG podem ser bem-vindos).
O fato é que você precisa passar por uma nova fase de adaptação anatômica. Não adianta ganhar força nos músculos se os tendões e ligamentos não estão prontos para suportar essa força.
Se vc tomou todas as precauções e ainda assim a dor voltou, acho que não tem outra saída a não ser voltar ao médico/fisioterapeuta.
Outra coisa: como Pengo falou acima, é preciso se conformar com a inaptidão para determinados exercícios. Eu, por exemplo, não posso fazer desenvolvimento de ombro por trás da nuca (sempre que eu insisti em fazer, me dei mal). Procure descobrir se algum exercício específico lhe causa dor e substitua por outro que não cause.