todos os musculos da perna num dia só torna o treino muito longo e desgastante.
treinando os musculos separadamente, voce pode dar um desgaste maior para aquele grupo muscular, ganhando no descanso.
eu particularmente não gosto de agachamento justamente por isso, impossibilita a separação e a exaustão dos músculos que vc quer.
mais isso é o meu ponto de vista, não sou instrutor nem graduado no assunto, isso é o que eu faço no meu treino, usando cargas elevas e trabalhando os musculos ate a falha entre a 6ª e 10ª repetição.
Abraço!