Cara como você já foi no médico e talz, vou arriscar dar um palpite.
Quando voltei a treinar pernas, peguei PESADO, muito pesado nos treinos. Por isso, fiquei com dores no joelho por uns 2 meses, por isso diminuí a intensidade dos meus treinos. Era uma sensação estranha, não necessariamente dor, mas dava uma aflição no joelho, como se os ossos tivessem atritando, era bem estranho. (Fora que eu sentia dores também)
Pois bem, com o tempo passou, e agora não sinto nada nos joelhos.
Minha sugestão é diminuir um pouco a intensidade até melhorar, pegue mais leve, até os seus músculos se fortalecerem.
Quanto ao treino, eu deixaria assim:
Agachamento
Leg Press
Extensora
Flexora
Se não pode colocar stiff, acho que assim fica bem legal o treino.