Bom dia cara, eu sou médico recém-formado. Vou tentar te ajudar mas lembre que não sou nenhuma autoridade nem urologista.
Só uma dúvida você viu que tinha pedra em uma Tomografia ou no Ultrassom?
Primeiramente, seus cálculos são considerados pequenos e tem uma grande chance de saírem espontaneamente, em caso de cólica renal você deve procurar atendimento, porém já adianto que a base do tratamento da cólica sera com Anti-inflamatórios, como Cetorolaco, diclofenaco, cetoprofeno etc..
O que ela disse é válido, porém não é exatamente esse pensamento proteína = pedra. Uma dieta rica em proteína, com low carb pode levar a acidificação do sangue devido ao cetoácidos produzidos na lipólise, e também na gliconeogênese da produção de glicose através dos aminoácidos.
O pH urinário mais baixo facilita a precipitação de oxalato de cálcio (que é a maior causa de pedras no rim) pois nessa solução ele se torna menos solúvel.
Apesar disso esse não é o maior fator que precipita Nefrolítiase, e sim o consumo de SÓDIO, pois ocorre uma saturação desse íon que também é visto como precioso para o rim (ambos são reabsorvidos no túbulo contorcido proximal) e acaba elevando a excreção de cálcio para a urina, que deveria ser mínima.
O consumo de cálcio na dieta não é todo absorvido pois seu mecanismo é complexo e depende de fatores como PTH e Vitamina D ativada para ser absorvidos, e não deve ser sua preocupação.
Acho bom vc pesquisar quais alimentos são ricos de oxalato e tentar diminuir seu consumo, ou consumir eles juntamente com alimentos ricos em cálcio, para que estes façam a quelação no intestino e vc não absorva oxalato livre. Você também pode pesquisar alimentos que são ricos em Citrato, como limão que ajudam.
RESUMINDO: O que eu diria a você é para se hidratar, no mínimo 3,5L de água por dia, pois isso aumenta o volume do filtrado renal, facilitando a solubilização da pedra. REDUZA O CONSUMO DE SAL, sal livre e também alimentos industrializados ou embutidos como salsicha, mortadela. Não beba refrigerantes, principalmente Coca-cola. Tome banho de sol cerca de 15-20 minutos por dia, para melhorar sua vitamina D e assim a reabsorção de cálcio nos rins. Tome um pouco de café, ou chás ricos em cafeína, com moderação, para aumentar sua produção de urina.
Quanto a dieta hiperproteica, você é jovem, seus rins ainda dão conta de eliminar qualquer ureia e creatinina que você venha a produzir, porém eu não ponho minha mão no fogo para dizer que a longo prazo não tenha efeitos deletérios. Mas o seu Whey protein não é o pior dos males na sua produção de pedras.