A farinha de aveia é produzida a partir da parte mais interna do grão, o que exclui boa parte das fibras e aumenta o índice glicêmico do alimento. Esta forma de aveia está mais para um carboidratos simples do que complexo (mesmo que tecnicamente seja um complexo), por isso o seu uso na dieta não é recomendável ou deve ser muito bem controlado.
Já a aveia em flocos integral é feita através do trituramento do grão completo, isto inclui todas as vitaminas, minerais, fibras e todos os benefícios que falamos no texto.
Fonte:
http://www.hipertrofia.org/blog/2016/04/26/beneficios-da-aveia-para-quem-treina/