Quase não tenho tido tempo de ler e muito menos comentar algo, mas gostaria de opinar citando uma experiência própria.
Tenho um maldito problema na cartilagem do joelho, algo que é degenerativo e adquiri em um período que "estiquei" demais, falo da Condromalácia Patelar - vide Wikipédia.
Alguns dos sintomas que tenho são: dor ao ficar muito tempo com os joelhos dobrados, sendo que ao esticar é aliviante e dolorido ao mesmo tempo...dolorido porque quando se estica dói porque estala o joelho; fui tentar fazer agachamento profundo (aquele que se chega bem perto do chão) e depois de alguns dias senti muito o joelho, tive que parar de fazer tudo praticamente, ficava somente com: adutores, abdutores, mesa flexora, e na extensora com uma micro amplitude. Com isso tudo acabei perdendo muitas medidas na perna e o desânimo foi total. Atualmente me atento para as cargas em tudo, no leg mesmo que é um problema, fiquei 6 meses no mesmo peso porque: aumentar carga = dor com certeza.
Escrevi demais sobre isso, mas me parece que pode ser o mesmo problema. Se sente algo do que falei pode ter a mesma coisa também. Vendo no Wikipédia: O fator mais comum é o traumatismo, seja por um trauma crônico por fricção crônica entre a patela e o sulco patelar do fêmur - por onde ela passa durante a flexão do joelho - em razão do uso inadequado de aparelhos de ginástica, exercícios em step, agachamentos ou leg press, bem como pela prática inadequada de esportes, com força excessiva aplicada na patela; ou por um trauma distinto, como uma pancada ou choque do joelho sobre um objeto, e lesão aguda da cartilagem femoropatelar, com impedimento da nutrição ideal dessa estrutura devido às rachaduras originadas.
Então é bom já ir tomando todo o cuidado enquanto não pode ir a um especialista.