Não é recomendado malhar e praticar artes marciais no mesmo dia, fica muito desgastante para os músculos.
O melhor que você tem a fazer é malhar e praticar o muay thai em dias alternados, um treino bom para você é o FullBody 3xsemana, eu já fiz muay thai enquanto treinava ficava assim : segunda - muay thai, terça - treino, quarta - muay thai, quinta - treino, sexta - muay thai, sábado - treino, fica meio desgastante no primeiro mês mais depois você acostuma.
Tá aqui algumas estruturas do treino FullBody: http://www.hipertrofia.org/forum/topic/122589-estruturando-um-fullbody-a-la-craw/
Espero ter ajudado, abraço man...